Dès lors que l’entreprise satisfait aux conditions, elle peut bénéficier d’allégements d’impôts sur les bénéfices (IS et IFA ou IR). Sur délibération des collectivités locales, la JEI peut également bénéficier d’exonération de TP et/ou de taxe foncière. L’application de la règle communautaire « de minimis » plafonne, à compter du 1er janvier 2007, ces aides fiscales à 200 K€ sur une période glissante de trois exercices fiscaux.
Parallèlement, la JEI est exonérée de cotisations patronales de sécurité sociale pour certains de ses salariés et mandataires affectés aux projets de recherche et de développement. En matière d’exonérations sociales il n’y a aucun plafond applicable, d’où l’intérêt de la mesure.